Equipe 3 « Dynamique de la chromatine et le métabolisme dans le cancer »

Nous nous intéressons aux premiers stades de l'oncogenèse dans le but de trouver des biomarqueurs précoces du cancer et d'identifier de nouvelles approches de prévention et de traitement. Les infections virales déclenchent des changements majeurs dans l'organisation du noyau, les profils de transcription et la régulation de la voie mTORC1 dans les cellules infectées. Nous étudions comment les virus et leurs protéines déclenchent le cancer et comment ils affectent la stabilité du génome, modulent l'organisation nucléaire et le métabolisme. Nous analysons les changements liés au cancer dans la transcription des gènes et l'organisation du génome au niveau d'une seule cellule, et cherchons les biomarqueurs précoces du cancer des lymphomes. Enfin, nous nous intéressons à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans la résistance aux médicaments acquise par les lymphomes des cellules B et nous développons de nouveaux outils pour surmonter cette résistance.

Lab Memebers

  • Svetlana Dokudovskaya, DR2 CNR
  • Yegor Vassetzky, DR1 CNRS
  • Joëlle Wiels, DREM CNRS
  • Marc Lipinski, DREM CNRS
  • Julien Lazarovici, Hematologist, Gustave Roussy
  • Diego Germini  - Postdoc
  • Burkitkan Akbay  - PhD student
  • Reynand Jay Canoy  - PhD student
  • Fatimata Bintou Sall   - PhD student
  • Yahir Alberto Loissel Baltazar – PhD student
  • Anna Shmakova - PhD student
  • Anna Karpukhina - Master student

Publications récentes

  • Germini, D., Sall, F.B., Shmakova, A. A., Wiels, J., Dokudovskaya, S., Drouet, E. and VASSETZKY, Y.S. (2020) Oncogenic properties of the EBV ZEBRA protein. Cancers DOI:10.3390/cancers12061479  IF=6.1
  • Sorokin, D.V., Arifulin, E.A., Vassetzky, Y.S. and Sheval, E.V. (2020) Live-cell imaging and analysis of the mobility of nuclear bodies. Methods Mol. Biol. DOI: 10.1007/978-1-0716-0763-3
  • Akbay, B., Shmakova, A., Vassetzky, Y.S. and Dokudovskaya, S. (2020) Modulation of mTORC1 signaling pathway by HIV-1, Cells, cells-769158 in press IF=5.6
  • Saleh, K., Michot, J.-M., Camara-Clayette, V., Vassetzky, Y., Ribrag, V. (2020) Burkitt and Burkitt-like lymphomas: a systematic review. Curr. Oncol. Rep. 22:33 DOI: 10.1007/s11912-020-0898-8 IF=3.9
  • Karpukhina, A. and Vassetzky, Y.S. (2020) DUX4, a zygotic genome activator, is involved in oncogenesis and genetic diseases. Ontogenez, DOI: 10.31857/S0475145020030076
  • Ribrag, V., Camara-Clayette, V., Bosq, J., Dartigues, P. Vassetzky, Y. (2020) Burkitt Lymphoma. EMC Hematologie, 31:1-13 DOI:10.1016/S1155-1984(19)83317-4
  • Iarovaia, O.V., Minina, E.P., Sheval, E.V., Dokudovskaya, S.S., Razin, S.V. and Vassetzky, Y.S. (2019) Nucleolus: organizing the functioning of the genome. Trends in Cell Biology, DOI: 10.1016/j.tcb.2019.04.003, IF=18.5
  • Shmakova, A., Germini, D. and Vassetzky, Y.S. HIV-1, HAART and cancer: a complex relationship. Int. J. Cancer, DOI:10.1002/IJC.32730, IF=7.4
  • Dib, C., Zakharova V.V., Popova, E., Kiseleva E.V., Chernyak, B.V., Lipinski M., and Vassetzky, Y.S. (2019) DUX4 pathological expression: causes and consequences in cancer. Trends in Cancer, 5:268-271 DOI: 10.1016/j.trecan.2019.03.001 IF=5.1
  • Harrington CT, Sotillo E, Robert A, Hayer KE, Bogusz AM, Psathas J, Yu D, Taylor D, Dang CV, Klein P, Hogarty MD, Geoerger B, El-Deiry WS, Wiels J, Thomas-Tikhonenko A. (2019)Transient stabilization, rather than inhibition, of MYC amplifies extrinsic apoptosis and therapeutic responses in refractory B-cell lymphoma. Leukemia, DOI: 10.1038/s41375-019-0454-4. IF=11.7
  • Sall, F.B., El Amine, R., Markozashvili, D., Tsfasman, T., Oksenhendler, E., Lipinski M., Vassetzky, Y.S. and Germini, D. HIV-1 Tat protein induces aberrant activation of AICDA in human B lymphocytes from peripheral blood (2019) J. Cell Physiol. DOI: 10.1002/jcp.28219 IF=4.5
  • Ma Y, Moors A, Camougrand N, Dokudovskaya S. (2019) The SEACIT complex is involved in the maintenance of vacuole-mitochondria contact sites and controls mitophagy. Cell Mol Life Sci. 76:1623-1640. DOI: 10.1007/s00018-019-03015-6 IF=7.1
  • Germini, D., Tsfasman, T., Zakharova V.V., Sjakste, N., Lipinski M., and VASSETZKY, Y.S. (2018) A comparison of techniques to evaluate the effectiveness of genome editing. Trends in Biotechnology, 36:147-159 DOI: 10.1016/j.tibtech.2017.10.008 IF=13.6
  • Ma, Y., Vassetzky, Y.S., Dokudovskaya, S. (2018) mTORC1 pathway in DNA damage response. BBA Molecular Cell Research, 1865:1293-1311 DOI: 10.1016/j.bbamcr.2018.06.011 IF=5.3
  • Debernardi J, Hollville E, Lipinski M, Wiels J, Robert A. (2018) Differential role of FL-BID and t-BID during verotoxin-1-induced apoptosis in Burkitt's lymphoma cells. Oncogene. 7:2410-2421. doi: 10.1038/s41388-018-0123-5. IF=6.8
  • El-Amine, R., Germini, D., Zakharova V.V., Tsfasman, T., Sheval, E.V., Louzada, R.A.N., Dupuy, C., Hamade, A., Najjar, F., Bilhou-Nabera, C., Oksenhendler, E., Lipinski M., Chernyak, B.V. and Vassetzky, Y.S. (2018) HIV-1-Tat protein induces DNA damage in human peripheral blood B-lymphocytes via mitochondrial ROS production. Redox Biology, 15:97-108 DOI: 10.​1016/​j.​redox.​2017.​11.​024 IF=7.1
  • Germini, D., Tsfasman, T., Klibi M., Pichugin, A., El-Amine, R.,  Iarovaia, O., Bilhou-Nabera, C., Subra, F., Bou Saada, Y., Sukhanova, A., Boutboul, D., Raphaël, M.,  Wiels, J, Razin, S., Bury-Moné, S., Oksenhendler, E., Lipinski M., and Vassetzky, Y.S. (2017) The HIV-1 Tat protein induces MYC  relocalization next to IGH in normal B-cells. Leukemia, 31:2515-2522 DOI: 10.1038/leu.2017.10 IF=11.7
  • Germini, D., Bou Saada, Y., Osina, K., Tsfasman, T., Robin, C., Sjakste, N., Lipinski M., and Vassetzky, Y.S. (2017) A one-step PCR-based assay to evaluate efficiency and precision of genomic DNA-editing tools. Mol. Therapy, 2017 5:43-50 DOI: 10.1016/j.omtm.2017.03.001 IF=6.7
  • Pichugin A.,  Iarovaia O.V., Gavrilov, A.,Sklyar, I., Barinova, N.,  Barinov, A.,  Ivashkin, E.,  Caron, G., Aofouchi, S., Razin, S.V., Fest, T., Lipinski M. and Vassetzky, Y.S. (2017) The IGH locus relocalizes to a “recombination compartment” in the perinucleolar region of differentiating B-lymphocytes. Oncotarget, 8:40079-40089 DOI:10.18632/oncotarget.16941 IF=6.4
  • Musinova, Y.R., Lisitsyna, O., Sorokin, D., Arifulin, E. Smirnova, T., Potashnikova, D., Vassetzky, Y.S. and Sheval, E.V. (2016) RNA-dependent dynamic assembly of nucleoli and nuclear bodies. J Cell. Sci., 129:4509-4520 DOI:10.1242/jcs.189142 IF=5.4
  • Allinne J., Pichugin A.,  Iarovaia O.,  Klibi M., Barat A., Zlotek-Zlotkiewicz E., Markozashvili1 D., Petrova N.,  Camara-Clayette V.,  Ioudinkova E., Wiels, J, Razin, S., Ribrag V., Lipinski M. and Vassetzky, Y.S. (2014) Perinucleolar relocalization and nucleolin as crucial events in the transcriptional activation of key genes in mantle cell lymphoma. Blood. 123:2044-53 DOI:10.1182/blood-2013-06-510511 IF=15.5

Voir aussi dans «La Recherche»

Equipe 1 « Plasticité métabolique en santé et maladie » La plasticité métabolique est une capacité fondamentale qui permet aux cellules d'adapter leur statut métabolique à des besoins spécifiques lors de la prolifération, de la différenciation, de l'activation en réponse à divers stimuli ou de la réponse à des conditions de stress. Dans ce contexte, les mitochondries, qui sont des acteurs majeurs par leur contribution au métabolisme, communiquent avec d'autres compartiments cellulaires, notamment avec le noyau. Ainsi, l'activité mitochondriale est finement régulée grâce à un dialogue bidirectionnel avec le noyau. En premier lieu, un dialogue antérograde (du noyau vers la mitochondrie) contrôle la biogenèse mitochondriale en permettant l'import de 1000 à 1500 protéines dans l'un des quatre sous-compartiments de l'organite, à savoir les membranes interne et externe, la matrice mitochondriale et l'espace intermembranaire. En retour, par la production d'ATP et d'autres métabolites, les mitochondries établissent un dialogue rétrograde avec le noyau (de la mitochondrie vers le noyau), qui impacte l'expression des gènes nécessaires, entre autres, aux programmes métaboliques de la cellule et aux activités de sécrétion impliquées dans les voies systémiques. Nous développons un programme de recherche intégrative pour une meilleure compréhension du dialogue mitochondrio-nucléaire décrit ci-dessus. Nos travaux seront centrés sur la voie d'import mitochondrial AIF/CHCHD4, qui régule l'import d'une famille de protéines impliquées dans la survie cellulaire, l'adaptation au stress et la réponse aux stimuli apoptotiques. Nos objectifs seront 1/ de mieux comprendre le rôle de ces protéines dans la plasticité métabolique des cellules normales et tumorales et 2/ d'exploiter les connaissances acquises pour la génération de nouveaux outils moléculaires, la découverte de nouveaux biomarqueurs et la proposition de nouvelles cibles thérapeutiques et molécules anticancéreuses à combiner avec les stratégies thérapeutiques conventionnelles (radio- ou chimiothérapie). Ce programme de recherche est développé au sein de 3 axes: Axe n°1 : Caractérisation moléculaire du complexe AIF/CHCHD4. Afin de caractériser le complexe AIF/CHCHD4, nous nous attachons à comprendre les voies de signalisation régulant ce complexe, à générer des outils pour cibler les mitochondries et étudier l'interaction entre AIF/CHCHD4 et à identifier des molécules par criblage à haut débit qui pourraient moduler la voie d'import AIF/CHCHD4, et ainsi affecter le métabolisme, le devenir des cellules cancéreuses et la réponse à la signalisation du stress. Axe n°2 : Impact de la voie AIF/CHCHD4 sur le métabolisme tumoral. Étant donné que les mitochondries sont désormais reconnues comme des acteurs clés dans la plasticité métabolique de diverses cellules cancéreuses et dans la détection et la propagation des signaux générés soit par les cellules tumorales, soit par le microenvironnement tumoral, dans le cadre de cet axe, grâce à des manipulations génétiques et pharmacologiques, nous étudions le rôle de la voie d'import AIF/CHCHD4 dans le métabolisme tumoral, la tumorigenèse, la réponse aux agents thérapeutiques et la résistance aux traitements anticancéreux. Axe n°3 : Bases métaboliques de la différenciation des cellules souches. La plasticité métabolique est fondamentale pour le contrôle de l'homéostasie des cellules souches et la régulation de la capacité de ces cellules à se différencier vers des lignages cellulaires spécifiques. Dans le cadre de cet axe, nous 1/ étudions la régulation de la voie d'import AIF/CHCHD4 au cours de la différenciation des cellules souches et 2/ évaluons son impact sur la capacité des mitochondries à adapter leur activité aux besoins métaboliques et bioénergétiques des cellules souches qui sont en cours de différenciation. Historiquement, l'équipe accueille l'un des axes de l'ex UMR 8203 (2011-2019) porté par Lluis M. Mir. Plus précisément, suite aux travaux poursuivis pendant trois décennies, une activité centrée sur l’étude des interactions des champs électriques et électromagnétiques est poursuivie. Il s’agit de modifier la perméabilité des membranes de la cellule et de ses organites, d’en exploiter toutes les applications qui en découlent (électrochimiothérapie, thérapie génique non-virale, électroporation irréversible en cancérologie,…) et d’en étudier les bases et les mécanismes fondamentaux. Notre laboratoire est équipé d’un analyseur Seahorse (Seahorse, Agilent), qui permet de mesurer simultanément et en temps réel les principales voies énergétiques de la cellule.Nos travaux s’appuient aussi bien sur les plateformes gérées par l’UMS AMMICA (UMS 3655) de Gustave Roussy ainsi que la plateforme de criblage à haut débit CIBLOT, labellisée IBISA, qui fait partie de Criblage@ParisSaclay et de l'infrastructure nationale Chembiofrance Equipe 2 « Interactions hôte-tumeur dans les carcinomes de la tête et du cou : Exploration et modulations thérapeutiques »